MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii HC isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 333

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018416	T	7	7	8970	8976	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018416	TTA	2	6	8981	8986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018416	AT	4	8	9028	9035	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018416	T	8	8	9041	9048	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018416	AAAT	2	8	9051	9058	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018416	TTTAA	2	10	13898	13907	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018416	A	6	6	13906	13911	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018416	A	7	7	13925	13931	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018416	ATA	5	15	13938	13952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018416	TATT	3	12	13968	13979	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018416	ATA	2	6	13983	13988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018416	A	7	7	13993	13999	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018416	A	8	8	14002	14009	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018416	TCTA	2	8	14071	14078	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_018416	T	9	9	21312	21320	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018416	TA	3	6	26923	26928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018416	A	8	8	26928	26935	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018416	TTAA	2	8	26936	26943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018416	ATT	2	6	26948	26953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018416	A	6	6	26957	26962	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018416	A	6	6	26967	26972	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018416	TAA	2	6	29023	29028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018416	TAA	2	6	29030	29035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018416	T	6	6	29042	29047	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018416	T	8	8	29051	29058	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018416	A	12	12	29061	29072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018416	A	7	7	29075	29081	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018416	TAT	2	6	35289	35294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018416	ATAA	2	8	35299	35306	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018416	T	8	8	35307	35314	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018416	TCGT	2	8	35318	35325	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_018416	TAGG	2	8	35329	35336	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018416	A	7	7	35356	35362	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018416	TGG	2	6	35422	35427	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018416	A	6	6	35501	35506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018416	TTA	2	6	35508	35513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018416	TCC	2	6	37088	37093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_018416	ATT	2	6	37101	37106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018416	ATT	3	9	38870	38878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018416	TAA	2	6	38883	38888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018416	AAATAA	2	12	38889	38900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018416	A	7	7	38899	38905	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018416	AGT	2	6	38998	39003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018416	ATC	2	6	39031	39036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018416	ATGA	2	8	39037	39044	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018416	TA	3	6	39064	39069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018416	AT	5	10	39075	39084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018416	T	21	21	46111	46131	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018416	A	7	7	46158	46164	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018416	A	8	8	46166	46173	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018416	T	9	9	46174	46182	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018416	A	9	9	46183	46191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018416	A	7	7	46209	46215	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018416	GGTA	2	8	46216	46223	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018416	A	9	9	51766	51774	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018416	T	8	8	51775	51782	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018416	TAA	3	9	51785	51793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018416	AAT	2	6	51794	51799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018416	TAAT	3	12	51805	51816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018416	AAT	4	12	51814	51825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018416	T	6	6	51830	51835	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018416	TAATT	2	10	51855	51864	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018416	TAAT	3	12	51866	51877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018416	AATT	2	8	51878	51885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018416	TAGTT	2	10	51976	51985	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018416	A	13	13	52043	52055	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018416	TAATT	2	10	56688	56697	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018416	TTTGC	2	10	56707	56716	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018416	A	8	8	60216	60223	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018416	GGT	2	6	60273	60278	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018416	GAT	2	6	60449	60454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018416	A	6	6	60481	60486	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018416	A	7	7	60488	60494	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018416	ATTA	2	8	60501	60508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018416	TTAT	2	8	60510	60517	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018416	T	10	10	60517	60526	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018416	ATTAT	2	10	60529	60538	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018416	T	8	8	60542	60549	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018416	ATT	2	6	60552	60557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018416	T	8	8	60562	60569	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018416	AT	4	8	60584	60591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018416	T	8	8	60591	60598	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018416	TA	3	6	61393	61398	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018416	A	11	11	61410	61420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018416	TAA	3	9	61424	61432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018416	A	10	10	61431	61440	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018416	T	7	7	63248	63254	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018416	ATTA	2	8	63266	63273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018416	GA	3	6	67893	67898	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018416	A	9	9	67941	67949	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018416	TACT	2	8	71807	71814	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_018416	CAT	2	6	71969	71974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_018416	TTTA	2	8	71995	72002	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018416	T	7	7	73653	73659	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018416	T	6	6	73672	73677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018416	T	6	6	73686	73691	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018416	A	9	9	73695	73703	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018416	TAA	2	6	73704	73709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018416	AAT	2	6	73711	73716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018416	A	14	14	73732	73745	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018416	TAA	2	6	73746	73751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018416	ATTT	2	8	73763	73770	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018416	T	6	6	73768	73773	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018416	T	7	7	73785	73791	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018416	TTTA	2	8	73797	73804	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018416	TAT	2	6	73809	73814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018416	A	8	8	73822	73829	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018416	TA	3	6	73830	73835	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018416	TAT	2	6	73848	73853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018416	A	6	6	73854	73859	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018416	T	6	6	73863	73868	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018416	A	7	7	76007	76013	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018416	AT	6	12	76020	76031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018416	A	7	7	76118	76124	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018416	TTTA	2	8	76125	76132	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018416	A	9	9	76147	76155	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018416	TA	3	6	76157	76162	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018416	TAA	2	6	76198	76203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018416	T	16	16	87078	87093	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018416	TAT	2	6	90052	90057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018416	ATA	2	6	90074	90079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018416	TCTA	2	8	90083	90090	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_018416	CCA	2	6	90099	90104	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_018416	AT	3	6	90108	90113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018416	A	6	6	90123	90128	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018416	TTA	2	6	90147	90152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018416	T	6	6	90189	90194	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018416	ATCT	2	8	90200	90207	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_018416	TAAAA	2	10	90250	90259	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018416	T	10	10	90260	90269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018416	AT	3	6	90271	90276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018416	AT	3	6	90292	90297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018416	AT	3	6	90306	90311	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018416	TTTAT	2	10	90312	90321	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018416	ATT	2	6	90323	90328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018416	A	7	7	90332	90338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018416	A	8	8	90347	90354	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018416	TGAAT	2	10	90363	90372	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018416	TA	3	6	90385	90390	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018416	T	10	10	90410	90419	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018416	A	6	6	90420	90425	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018416	T	6	6	90429	90434	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018416	AAG	2	6	90454	90459	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018416	T	6	6	90480	90485	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018416	A	9	9	90486	90494	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018416	T	6	6	90509	90514	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018416	TAA	2	6	90524	90529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018416	TAA	2	6	90569	90574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018416	A	8	8	90591	90598	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018416	T	7	7	90599	90605	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018416	T	6	6	90608	90613	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018416	TAAAAT	2	12	90616	90627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018416	TAT	3	9	90631	90639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_018416	AT	3	6	90642	90647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018416	T	9	9	90647	90655	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_018416	ATTAAT	2	12	90656	90667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_018416	TAT	2	6	90688	90693	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_018416	GTT	2	6	117558	117563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
288	NC_018416	CTTTA	2	10	117604	117613	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
289	NC_018416	AACT	2	8	117616	117623	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
290	NC_018416	AT	4	8	117680	117687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_018416	GCT	2	6	117760	117765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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294	NC_018416	AATAA	2	10	117779	117788	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_018416	T	6	6	117859	117864	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_018416	ATT	2	6	117866	117871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_018416	ATAA	2	8	117872	117879	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_018416	TATT	2	8	117899	117906	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_018416	TAA	3	9	117907	117915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_018416	TAT	2	6	124436	124441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_018416	A	9	9	124445	124453	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_018416	TAATT	2	10	124464	124473	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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305	NC_018416	A	6	6	128192	128197	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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308	NC_018416	T	6	6	128255	128260	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_018416	ATT	2	6	128261	128266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_018416	TTTA	2	8	128290	128297	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_018416	ATA	2	6	128317	128322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_018416	A	6	6	128344	128349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_018416	AT	3	6	128372	128377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_018416	T	9	9	128388	128396	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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317	NC_018416	ATT	2	6	128413	128418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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320	NC_018416	ATA	2	6	128469	128474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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323	NC_018416	A	6	6	154998	155003	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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330	NC_018416	A	6	6	155198	155203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_018416	TAT	2	6	165311	165316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_018416	ATTT	2	8	165326	165333	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_018416	A	15	15	165355	165369	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.